本學會組織由會員（代表）大會為最高權力機構，下設有理監事會，內含理事 21 人，監事 7 人，任期 2 年。

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理事長由理事群票選選出，為了協助會務發展，設有十八項工作委員會，包括秘書處、產業諮詢委員會、學刊編輯委員會、工業工程雜誌編輯委員會、教育及證照委員會、會員服務委員會、獎章獎項評審委員會、國際事務委員會、北區委員會、中區委員會、南區委員會、產學合作委員會、社群網路委員會、永續環境推動委員會、永續工程師證照推動委員會、智慧製造推動委員會、女性IE委員會、年會承辦單位。